Sau khi lên nắm chính quyền, ngày 17 tháng 3 năm 1933, Hitler sa thải TS. Hans Luther, thống đốc có tính bảo thủ của Ngân hàng Nhà nước, cử Schacht thay thế. Không người nào tỏ ra hữu dụng hơn cho Hitler như Schacht trong việc xây dựng sức mạnh kinh tế cho Đế chế Thứ Ba và tái vũ trang cho Thế chiến II. Đúng là trước khi chiến tranh bùng nổ, ông chống đối Hitler, bị mất hết chức vụ. Nhưng lúc ấy đã quá muộn: thành quả của ông cho Quốc xã đã được phát huy.

Trong năm đầu, những chính sách kinh tế của Quốc xã do Schacht đề ra chủ yếu nhằm tạo công ăn việc làm cho người thất nghiệp qua chương trình xây dựng công ích và khuyến khích doanh nghiệp tư nhân. Tín dụng chính phủ được cung cấp qua trái phiếu thất nghiệp đặc biệt, và miễn thuế rộng rãi hầu giúp trang trại tăng chi tiêu và sử dụng thêm nhân công.

Ngày 2 tháng 8 năm 1934, Schacht nhận thêm nhiệm vụ Bộ trưởng Kinh tế. Ngày 12 tháng 5 năm 1935, Hitler bổ nhiệm Schacht kiêm thêm Bộ trưởng Đặc mệnh Toàn quyền về Kinh tế Chiến tranh, trao cho ông này quyền hạn để "chỉ đạo sự chuẩn bị kinh tế cho chiến tranh." Bốn tuần sau, Schacht nộp một báo cáo riêng cho Hitler bắt đầu bằng:

việc hoàn tất tái vũ trang với tốc độ và khối lượng mong muốn là vấn đề của nền chính trị Đức; vì thế mọi hoạt động khác phải tùy thuộc vào việc này.

Schacht giải thích với Hitler là vì cần ngụy trang hoàn toàn việc tái vũ trang cho đến ngày 16 tháng 3 năm 1935 (khi Hitler tuyên bố động viên cho một quân đội gồm 36 sư đoàn), cần phải dùng máy in tiền để chi trả cho giai đoạn đầu. Ông cũng vui mừng chỉ ra rằng số tiền tịch thu từ kẻ thù của Nhà nước (phần lớn là người Do Thái) và những người khác từ tài khoản nước ngoài bị phong tỏa đã giúp chi trả cho súng ống của Hitler. Ông pha trò: "Vì thế, việc tái vũ trang của chúng ta được chi trả một phần với tín dụng của kẻ thù chính trị của chúng ta".

Dù trong Tòa án Nürnberg, Schacht phản bác kịch liệt cáo buộc cho rằng ông đã tham gia trong âm mưu của Quốc xã để gây chiến, sự thật là không một người nào khác có trách nhiệm như Schacht trong việc chuẩn bị sức mạnh kinh tế cho Đức để tiến đến chiến tranh. Quân đội Đức toàn tâm công nhận điều này. Vào dịp sinh nhật thứ 60 của Schacht, một ấn phẩm của Quân đội ca ngợi Schacht là

người đã giúp cho sự tái tạo dựng Quân đội được khả thi về mặt kinh tế... Lực lượng Quốc phòng hàm ơn năng lực lớn lao của Schacht đã vượt qua mọi khó khăn để tạo ra sức mạnh hiện tại từ cơ số 100.000 người.

Schacht mang ra thi thố tất cả ngón nghề phù thủy về tài chính để chuẩn bị cho Đế chế Thứ Ba sẵn sàng với chiến tranh. In thêm tiền chỉ là một trong những biện pháp của ông. Ông thao túng đồng tiền một cách khéo léo đến nỗi các nhà kinh tế nước ngoài có lúc ước lượng đồng mark có đến 237 giá trị khác nhau. Ông đã đàm phán được nhiều cuộc trao đổi hiện vật với hàng chục quốc gia có lợi cho Đức một cách đáng kinh ngạc, và chứng tỏ với các nhà kinh tế chính thống là càng mang nợ một quốc gia thì càng dễ làm ăn với quốc gia ấy. Việc ông tạo ra tín dụng trong một quốc gia thiếu vốn luân chuyển và hầu như không có dự trữ tài chính là do thiên tài hoặc – như vài người nói – là mánh lới bậc thầy. Ví dụ cụ thể là việc Ngân hàng Nhà nước phát hành tín phiếu "Mefo" được Nhà nước bảo lãnh và được dùng để chi trả cho các nhà sản xuất vũ khí. Vì tín phiếu này không xuất hiện trên báo cáo tài chính của Ngân hàng Quốc gia lẫn ngân sách Nhà nước, chương trình tái vũ trang vẫn giữ được bí mật. Trong giai đoạn 1935-1938, tín phiếu này được sử dụng riêng cho việc tái vũ trang và lên đến số tiền tổng cộng là 12 tỉ mark. Có một lần khi giải thích việc này với Hitler, Bộ trưởng Tài chính Bá tước Schwerin von Krosigk nói đấy chỉ là một hình thức "in tiền".

Schacht đã cống hiến năng lực và thiên tài vào việc chi trả cho chương trình tái vũ trang nhanh chóng của Hitler. Ông đã nhào nặn ra nhiều mánh khóe để huy động tiền bạc cho Lục quân, Hải quân và Không quân và chi trả cho các hóa đơn sản xuất vũ khí. Nhưng có mức giới hạn, quá mức này quốc gia sẽ phá sản. Vào năm 1936, ông tin rằng Đức đang tiến gần đến mức giới hạn ấy. Ông cảnh báo tình hình này với Hitler, Göring và Tướng Bộ trưởng Quốc phòng Werner von Blomberg (1878-1946), nhưng không có kết quả.

Tháng 9 năm 1936, Đức bắt đầu Kế hoạch Bốn năm và chuyển qua nền kinh tế toàn diện cho chiến tranh. Dù dốt nát về kinh tế ngang bằng với Hitler, Göring thay thế Schacht để nắm quyền độc tài về kinh tế. Mục đích của kế hoạch là làm cho Đức được tự túc trong vòng 4 năm, để không phải khốn đốn vì phong tỏa – mà Schacht xem là không khả thi. Nhưng Göring đã trở nên nhà độc tài trong lĩnh vực kinh tế. Đối với người kiêu ngạo, có tham vọng và còn khinh bỉ Göring dốt nát về kinh tế thì khó mà tiếp tục giữ chiếc ghế. Sau vài tháng xung khắc kịch liệt giữa hai người đều có cá tính mạnh, Schacht yêu cầu Hitler cho ông nghỉ chức vụ trong nội các. Thêm vào nỗi bất mãn là thái độ của nhiều nhà công nghiệp và doanh nhân "đổ xô đến văn phòng của Göring để nhận đơn đặt hàng trong khi tôi vẫn còn đang làm cho mọi người nghe tiếng nói của lý lẽ."

Để làm cho họ nghe được tiếng nói của lý lẽ trong không khí sôi động của Đức Quốc xã năm 1937 là điều không ai làm được, như Schacht nhận thấy. Sau khi đã cãi vã thêm với Göring, ông nộp đơn cho Hitler chính thức xin từ chức Bộ trưởng Kinh tế. Ngày 8 tháng 12, đơn từ chức được chính thức chấp thuận. Con người yếu đuối Walter Funk được cử thay thế Schacht.

Theo yêu cầu của Hitler, Schacht ở lại nội các làm Quốc vụ khanh (Bộ trưởng không giữ bộ nào) và vẫn còn giữ chức vụ Thống đốc Ngân hàng Quốc gia, vì thế vẫn duy trì vẻ bề ngoài, tránh cho nước Đức và thế giới một cú sốc. Tuy nhiên, ông không còn có thể kiềm chế chương trình tái vũ trang sôi động của Hitler, mà chỉ đưa tên tuổi ra làm bình phong cho mưu đồ của Hitler. Cũng như các tướng lĩnh và người bảo thủ đã giao nước Đức cho Hitler, ông không thức tỉnh nhanh chóng để nhận ra thực tế của cuộc đời.